সুফি সাধক হযরত শাহজালাল (রঃ) এর অনুসারী সৈয়দ নাছির উদ্দিন (রঃ) এর পূণ্যস্মৃতি বিজড়িত খোয়াই, করাঙ্গী সুতাং, বিজনা, রত্না প্রভৃতি নদী বিধৌত হবিগঞ্জ একটি ঐতিহাসিক জনপদের নাম । ঐতিহাসিক সুলতানসী হাবেলীর প্রতিষ্ঠাতা সৈয়দ সুলতানের অধঃস্তন পুরুষ সৈয়দ হেদায়েত উল্লাহর পুত্র সৈয়দ হবিব উল্লাহ খোয়াই নদীর তীরে একটি গঞ্জ বা বাজার প্রতিষ্ঠা করেন । তাঁর নামানুসারে হবিবগঞ্জ থেকে কালক্রমে তা হবিগঞ্জে পরিণত হয় । ইংরেজ শাসনামলে ১৮৬৭ সালে হবিগঞ্জকে মহকুমা ঘোষণা করা হয় এবং ১৮৭৮ সালে হবিগঞ্জ মহকুমা গঠনকরা হয় । আসাম প্রাদেশিক সরকারের ২৭৩ নং নোটিফিকেশনের মাধ্যমে ১৮৯৩সালের ০৭ এপ্রিল হবিগঞ্জ থানা গঠিত হয়। পরবর্তীতে ১৯৬০ সালে  সার্কেল  অফিসার  (উন্নয়ন)  এর  অফিস  স্থাপিত  হয়  এবং  সর্বশেষ  ১৯৮৪ সালের ০১ মার্চ ( ১৭ ফাল্গুন ১৩৯০ বাংলা) জেলায় উন্নীত হয় ।